宗教改革
1. 文艺复兴
在漫长的中世纪，罗马教廷代表的天主教主宰了整个欧洲的思想文明。但随着时代变迁，它越来越不能满足人民的精神需求。这不是某一个突发事件所导致的，而是漫长岁月点滴累积的结果。
自从罗马教廷脱离拜占庭的统治开始，历任教皇们就积极地干预欧洲的王权统治和世俗生活，企图以宗教主导一切。在此过程中，他们受到权力的腐蚀而堕落了，不再是高尚的道德模范和精神领袖，而是披着宗教外衣的腐败独裁者。在1054年的东西教会大分裂中，罗马教皇和君士坦丁堡牧首分别将对方逐出教门。尽管双方都坚定的宣称对上帝和基督的信仰，但这并不妨碍他们为了争权夺势而互相攻击，这难免不让信徒们对教会的庄严和权威心生怀疑。
1214年布汶战役之后，神圣罗马帝国走向分裂，原本控制的意大利北部城市（佛罗伦萨、米兰等）演变成类似古希腊城邦的城市共和国，依靠工商业而繁荣致富。而在文化上，它们也逐渐摆脱天主教的禁锢，向古希腊寻求精神指引，产生了“以人为本”的思想。但丁（1265 ~ 1321年，佛罗伦萨人）的长诗《神曲》通常被看作文艺复兴的先驱。他在诗中一方面坚称对上帝的信仰，另一方面却痛斥几位已故教皇甚至当世教皇犯下的罪恶。否定教皇的观念在此时就已深入人心。1309 ~ 1377年的“阿维尼翁之囚”事件和随后的教廷分裂，更使教会声望一落千丈。
蒙古帝国期间，商人们开辟出一条从黑海北岸通往东方的贸易之路，但这却导致鼠疫（黑死病）从中亚草原传入欧洲。1346～1352年间，欧洲30～60%的人口死亡，对社会产生了深远影响。教会在灾难面前束手无策，暴露了其虚幻而无益的本质。同时，贵族和教士的大量死亡促进了社会财富的再分配，而劳动力严重减少使得劳动者的收入和地位得到提高。从瘟疫中幸存的人们意识到生命的短暂和可贵，整个社会更加关心现实世界，而不是虚幻的天国。
1450年，德意志人古腾堡开办了欧洲第一个活字印刷厂，在这里诞生了西方第一本完整印刷出的书籍《古腾堡圣经》。此前中国早已发明了活字印刷，我们不确定古腾堡是否从东方获得了启迪，但无论如何，这使得圣经不再是教会垄断的秘物，能够被大众广泛获取，从而促进对宗教事务的公开探讨。1453年君士坦丁堡陷落之后，拜占庭珍藏的大量古籍流入西方，在印刷术的作用下广为传播。书籍的普及提高了大众的识字率，开拓了人们的思想视野。古希腊-罗马的灿烂文化终于重新在欧洲焕发光芒，这被称为“文艺复兴（Renaissance）”。
在文艺之外，西方的军事技术也在东方的影响下发生变革。火药武器逐渐普及，它使得经过短期训练的贫困农民就能战胜身披昂贵铠甲的骑士，叱咤风云的贵族骑士沦为昨日黄花。至此，中国的四大发明改变了整个西方：指南针开启了大航海时代，火药把骑士阶层炸得粉碎，而造纸术和印刷术催生了精神世界的革命。
2. 新教产生
天主教对民众实行思想统治的重要工具之一是赎罪论，即认为世间充满罪恶，有罪的人死后会堕入地狱或者炼狱，因此除了毫无过错的完人（这显然不存在），凡人都需要赎罪才能避免死后受苦。为了赎罪，凡人需要行善或者履行宗教圣事（例如做弥撒、向教士忏悔），在此过程中，凡人不能直接与上帝沟通，只有教士才能作为桥梁将上帝的恩典传递给凡人，因此教士被置于垄断神恩的特殊位置。
1095年教皇乌尔班二世呼吁十字军东征时，为了得到群众的支持，他表示所有参与十字军的人都会得到救赎。这后来扩大到出钱资助十字军的人也会得到救赎，然后又进一步演变成赎罪券，即凡人只要向教会购买赎罪券就可以获得救赎。这一做法从未见于《圣经》，为了给它提供理论依据，教会发明了“剩余功德”的概念，即耶稣基督和古代圣人有剩余的功德可以转让，普通信徒只要花钱就能买到这些功德。赎罪券还分为“全大赦”和“限大赦”两种，“限大赦”只能赦免一定量的罪孽，而“全大赦”可以赦免从出生以来的所有罪孽，把人还原到初生婴儿的纯洁状态……一个完整的商业体系就这样凭空建立起来。不同于以前只能劝说信徒捐款，现在教会可以主动推销赎罪券而获得无本万利，因此它很快就成为教会最喜爱的筹款工具。
1506年，为了修建梵蒂冈的圣彼得大教堂，教皇发行赎罪券以筹措资金。与通常发行的“限大赦”券不同，这次发行的是效力最强的“全大赦”券，因而在欧洲引起轰动，普通百姓竞相购买。这不仅引起了有识之士的反对，也引起贵族的愤怒，因为臣民的金钱都落入教会而不是世俗统治者的口袋。不久后，马丁·路德的宗教改革运动就应运而生了。
马丁·路德（1483～1546年）出生于神圣罗马帝国，1512年成为维腾贝格大学的神学教授。他在研究从拜占庭流入的希腊文圣经时（此前欧洲一直沿用罗马帝国狄奥多西一世时代翻译的拉丁文圣经），领悟到与传统天主教不同的思想：“义人必因信而得生”，即凡人只要真心相信上帝，就能获得上帝的恩典而得救。因此，人的得救是由于自身的信仰，而不是由于教皇的赦罪权柄，也不是所谓的功德善行。1517年10月31日，万圣节前夕，马丁·路德在当地教会的门上贴出布告九十五条论纲，总结其反对赎罪券的观点并征求学术辩论。在印刷术的帮助下，马丁·路德的论纲迅速传遍整个欧洲，这被认为是宗教改革运动的开始。（在他之前，捷克的扬·胡斯也提出了类似的观点，1415年被教廷判火刑处死。）
由于马丁·路德思想造成广泛影响，教廷通过很多途径给他施加压力，要他改变立场，但马丁·路德始终拒绝，并进一步宣扬和发展其观点。在他的影响下，慈运理和加尔文在帝国境内的瑞士邦联先后提出了类似的宗教思想：慈运理和路德没有本质上的不同，加尔文则认为世间一切都是上帝在创世之初就预定的，因此只有被上帝预定要获救的人才会产生对基督的信仰从而得救。这些教派被统称为“新教”（由于历史原因，今日中国境内通常所说的基督教就是指的新教）。尽管新教的不同教派之间也有差异，但它们共同认为：人的得救是出于信仰和上帝恩典，而不是由于按教会要求履行圣事或善行；信徒个人可以直接与上帝沟通，而无需教士作为中介；只承认《圣经》为最高权威，而不认可教皇为首的教会对圣经的解释权。
作为对新教的回应和自省，1562年天主教大公会议提出了“禁止以金钱换买大赦”的议案，并在1567年被教皇正式批准。然而，天主教现今仍然保留赎罪观念，以及教皇针对特定人群（但不出于金钱）发布大赦的权力：例如2009年教皇批准澳门的两所世界遗产教堂为全大赦圣堂，为期七年，信徒可于此期限内在圣堂内朝拜而获得全大赦，从而鼓励信徒前往澳门。
3. 教随国立
尽管马丁·路德的毕生努力是为了追求信仰和真理，但其后果或许超出他本人的预料。由于各国统治王室在宗教改革面前分别采取了不同的立场，反对派的恐怖预言不幸成真：他的言论造成了全欧洲的分裂、混乱和战争。
在英国，亨利八世正因为教皇不肯批准他离婚而烦恼，就于1533年宣布英国教会脱离罗马教廷而另立门户，然后休了来自西班牙的王后凯瑟琳，另娶安妮·博林。英国成为首个实行宗教改革的大国，但它并没有本质上的理论革新（本来只是为了解决亨利八世的个人生活问题），只是用英国国王取代教皇作为教会领袖。一部分更激进的改革派改投加尔文主义，被称为清教徒，此后成为移民美洲的主力。
在西班牙，由于长年处在与伊斯兰战争的最前线，王室一直高举正统天主教信仰作为精神旗帜。哈布斯堡王朝虽然兴起于神圣罗马帝国，在查理五世继承西班牙王位之后也接过了这面旗帜。然而，神圣罗马帝国的很多诸侯不会忘记教皇与帝国之间的数百年矛盾，坚定地站到新教一方，为首的是萨克森选帝侯。当罗马教廷试图迫害马丁·路德时，萨克森公国向他提供保护。1527年，萨克森将路德派新教定为官方信仰，而到1530年，德意志境内有一半地方都成为新教领地。由于帝国皇帝查理五世反对宗教改革，新教诸侯组成联盟，双方在1546年（马丁·路德于同年早些时候去世）爆发内战。查理五世战败，于1555年被迫签订《奥格斯堡条约》，同意各诸侯国可以自由选择本国的宗教信仰，即“教随国立”。失望的查理五世于次年宣布退位，并将哈布斯堡王朝领土分割成奥地利和西班牙（包括尼德兰和美洲殖民地）两部分。奥地利部分沿袭了德意志神圣罗马帝国的皇帝称号，但此后的皇帝都不再经由教皇加冕。
德意志内战暂时平息，西班牙又遭遇了尼德兰独立战争。大航海时代开启后，尼德兰凭借优越的地理位置迅速崛起，成为欧洲新的商业和金融中心。查理五世时期，整个西班牙国库收入的一半都来自尼德兰。尼德兰的新兴工商阶级对西班牙的天主教统治早已不满，纷纷投向新教的加尔文派，于1566年爆发反抗西班牙的战争（“八十年战争”）。1581年，尼德兰的北部七省联盟正式宣布独立，成为尼德兰共和国（中国习惯上将其称为荷兰，实际上荷兰只是尼德兰的一部分地区），其南部地区仍在西班牙控制下，后来经过多次辗转，最后在1830年独立为比利时王国，一小部分成为卢森堡大公国。
在法国，信奉天主教的瓦卢瓦王室和贵族们与新教徒（被称为胡格诺派）频繁产生冲突。1572年，国王查理九世之母、摄政王太后凯瑟琳将她的女儿嫁给胡格诺派领袖亨利·波旁（他是瓦卢瓦王室之外最近的卡佩王朝后裔）以示和解。胡格诺派重要人物齐聚婚礼，但这竟是一个陷阱，三千名新教徒在婚礼之地遭到屠杀，只有新郎亨利被留下性命软禁起来。四年后，亨利趁宫廷狩猎之机逃归领地，随即率军与王室开战。此后十余年间，凯瑟琳的三个儿子全都无嗣而亡，瓦卢瓦王室灭绝。亨利·波旁于1589年依法继承王位，成为波旁王朝的首位国王亨利四世。为了给国家带来和平，亨利四世改信天主教 ，宣布天主教为国教，同时给予新教徒信仰自由。1610年，亨利四世被一名天主教徒刺杀，但在此之前，他已经使法国从宗教战争的创伤中恢复，重建强大的中央王权。
在这个宗教改革时代，整个欧洲分裂为两大阵营：新教阵营中，除了德意志部分诸侯之外，北欧的丹麦、瑞典都选择了路德派，荷兰、瑞士选择加尔文派，英国选择自立门户。而天主教阵营中，主要是哈布斯堡王朝（包括西班牙、奥地利两支）、教皇国以及波兰-立陶宛联邦。法国虽然也奉天主教，但它视国家利益高于宗教分歧，因而与新教国家结盟对抗哈布斯堡王朝。不同的宗教立场和现实政治利益纠结在一起，引发了全欧洲范围内的混战。
4. 主权国家
在德意志神圣罗马帝国境内，1555年的《奥格斯堡条约》只是暂时平息了新教与天主教势力的斗争。随着形势发展，双方冲突不断升温，战争再次爆发，更多的欧洲国家也插手进来。
导火线是帝国统治下的波西米亚（今日捷克）。根据《奥格斯堡条约》，波西米亚选择新教作为自己的信仰，然而1617年皇帝之弟斐迪南二世担任波西米亚国王之后企图恢复天主教。1618年，波西米亚首都布拉格人民把两名钦差掷出窗外，宣布起义，自此开始了欧洲三十年宗教战争。
哈布斯堡王朝的奥地利与西班牙组成联军，进攻波西米亚并取得胜利。新教阵营进行反击，首先是丹麦和瑞典出兵神圣罗马帝国，法国和荷兰随后也加入战团。哈布斯堡联军在初期占据上风，但新教阵营与法国联合起来，终于彻底打败了哈布斯堡。最终，交战各方于1648年（大清顺治五年）签订《威斯特伐利亚条约》，宣告三十年战争（以及尼德兰八十年战争）的结束。
宗教方面，《威斯特伐利亚条约》规定天主教、路德宗、加尔文宗都是合法宗教，新教徒和天主教徒享有平等的法律地位，德意志各诸侯国均可自行选择官方宗教。（罗马教皇拒不承认此条约。）
政治方面，哈布斯堡家族的统治受到了沉重打击。一方面，德意志各诸侯国都获得了主权独立（唯不得对皇帝宣战），摧毁了奥地利统一德意志的野心；另一方面，西班牙在陆上和海上都被打败，从此失去欧洲霸主地位。葡萄牙也于1640年摆脱西班牙统治而恢复独立。而在战胜国中，法国取得了阿尔萨斯和洛林地区，成为陆上最强；荷兰终于从西班牙赢得独立，成为海上新贵；瑞士也从德意志获得独立，瑞典超越丹麦成为北欧强国。损失最大的是作为主战场的德意志，接近一半的男性死亡，神圣罗马帝国成为一片废墟。
惨烈的三十年战争使欧洲各国认识到，与虚幻的宗教信仰相比，国家的现实利益更加重要，因此各国开始接受不同信仰的平等共处。《威斯特伐利亚条约》彻底洗清了宗教神权对国家政权的影响，确立了国家主权至上、主权独立与平等、领土完整等国际关系基本原则。这些原则被欧洲列国普遍认可，并且推行到全球，成为今日国际秩序的基石。因此，这一条约也被视为“民族国家的开始”。