中国文明溯源
1. 人类起源
人类种族的起源，是一个很难弄清的问题。最早的文字记录出现在距今5000 ~ 6000年前，在此之前的事情，我们几乎无从得知。1871年，达尔文在《人类的由来》一书中首次提出人类起源于非洲的猜想，但当时并无任何实际证据。直到将近五十年后，考古学家在非洲发现古人类化石，基本证实这一猜想。（当前已发现最早的人类化石是在埃塞俄比亚，距今320万年前的“Lucy”。）然而，考古发掘所能获得的信息是非常有限的，神话传说更是不足为凭。直到近几十年来，分子人类学兴起，利用基因来分析人类起源、民族演化等问题，并与考古研究结合起来，取得了突破性进展，但仍有很多争议和谜团。
700万-500万年前，我们的先辈在非洲和黑猩猩分开了
主流的观点认为，人类大约在700万 ~ 500万年前从非洲的猿类进化而来。早期的人类曾有不止一个物种，也不止一次走出非洲，而是多次上演“长江后浪推前浪，前浪死在沙滩上”的故事。最早走出非洲的原始人类是与今日我们不同的物种，并且在上百万年前就从非洲扩张到亚欧大陆 —— 例如直立人（旧称猿人，北京人和元谋人都属于这个人种）在200万～20万年前生活于亚洲和非洲，尼安德特人在40万 ~ 3.5万年前生活于欧洲 —— 但这些人种后来都灭绝了，我们今天的人类并不是他们的后裔，而是智人。
25万年前，产生了我们的直系祖先：智人
智人在大约40万 ~ 25万年前出现于非洲，25万年 ~ 15万年前演化成解剖学上的现代人类（称为晚期智人）。12万年前，开始有智人走出非洲进入两河流域，但他们似乎在8万年前消亡了。
6万年前，智人再次走出非洲
约6万年前，智人再次走出非洲，成功扩张到世界各地：他们大约是沿着印度洋北岸前进（当时的海平面比现在低一百多米，智人的前进路线很可能在今天的海面以下），经东南亚到达澳大利亚，然后在约5万年前进入中国南部，约4万年前进入欧洲，约3万年前到达日本，约1.4万年前跨过白令陆桥进入美洲，约1万年前到达大陆最远的角落：美洲最南端的巴塔哥尼亚。更不可思议的是，约4000年前，人类驾着独木舟把茫茫太平洋上的诸多岛屿都逐一征服。在这个宏伟的扩张过程中，智人把遇到的其它种群都消灭了，所以今天生活在世界上的所有人类都是智人。——在中国，距今10万年 ~ 4万年之间没有发现任何人类化石，很可能是直立人在智人到来之前就已灭绝。而在欧洲，尼安德特人与智人共存了一段时间，有可能是智人消灭了尼安德特人。（2010年发表的一项最新研究显示，现代智人基因中混有很少量的尼安德特人基因，表明智人走出非洲之后曾与尼安德特人发生小规模混血。）
基因研究
考古发掘能够证实智人到达各地的时间，但我们需要更多工具来研究智人在扩张过程中的种族演化。直到数十年前，人们还把肤色、头发、相貌等作为区分人类种族的主要依据，但通过基因研究，我们发现实际情况并非如此。外表特征主要是为了适应不同地区的自然环境而形成的，并不能准确反映种族之间的差异：例如肤色棕黑的印度人可能与欧洲白人的基因非常接近，而同为黄皮肤的中国汉人与蒙古人的基因其实相距较远。
分子人类学对基因的研究主要有两个途径：线粒体DNA（mtDNA）和Y染色体DNA（Y-DNA），前者通过母亲传给女儿，后者通过父亲传给儿子。对mtDNA的研究表明，今日所有女性的基因都可以上溯到15万年前的一个非洲女性（“线粒体夏娃”），而对Y-DNA的研究表明，所有男性的基因都可以上溯到6万年前的一个非洲男性（“Y染色体亚当”）。从他们为起点，根据DNA中的突变信息，可以把现存的人类划分成不同的类型。然而引人注意的是，在很多地方，线粒体类型（母系遗传）的分布状况与Y染色体（父系遗传）的并不一致。可以推测，这是由于人类扩张过程中发生种族替代，当强大种族打败弱小种族之时，他们把失败方的男性全部杀掉，而女性部分保留下来，从而造成这种现象。因此，Y-DNA的分布更能体现种族扩张的结果。
研究者把Y-DNA的不同类型用字母表示：最先到达亚洲东部的一批人是C型（澳洲土著人、东北亚通古斯-蒙古族祖先，还有少量到达北美洲西部）和D型（印尼安达曼人、日本阿依努人、部分藏族人祖先）。他们曾经占领了广阔天地，但如今只在边远蛮荒地区留下少许残余，原因是更晚出现、肤色较浅、身材较高的另一批人打败了他们。这批后来者起源于约4.5万年出现在亚洲南部的F型，逐渐扩张到非洲以外的几乎所有大洲，并进一步分化成更多类型，其中的主要类型有：J型是中东闪族人（阿拉伯人、犹太人）的祖先；O型是大部分东亚、东南亚民族、以及太平洋上南岛民族的祖先（其中汉族和苗族、瑶族等都是以O3支型为主，而日、韩的O2支型比例较高）；Q型是美洲印第安人的主流，并少量存在于蒙古和西伯利亚；R型是原始印欧人，其后裔包括今天的绝大部分欧美白人、伊朗人和部分印度人。而在人类的老家非洲，仍保留着古老的A型（布须曼人）和B型（俾格米人），但较晚出现的E型成为主流，并且分化出诸多不同支型。这意味着其它大洲的人种和现存的A/B/E型非洲人有共同的祖先，但并不是由这些非洲人种演化来的。
通过这样的反复分化、扩张和替代，原始的人类民族在距今1.2万年前便已基本成形。——值得一提的是，蒙古民族主要是C型，加上少量其它类型的混血，因此过去把汉族定义成蒙古人种的说法是不准确的，汉人与蒙古人的差距比与欧洲人的差距更大。
2. 华夏溯源
与碎片化的西方古典文明相比，华夏文明是独立发展起来的，并以惊人的连续性和稳定性绵延至今。然而，这个文明是如何起源的，却隐藏在迷雾之中。远古神话中有“三皇五帝”的说法，而从最早的文献《尚书》开始，夏商周三代一直被视为中国历史的正式起点。现代考古和基因研究为我们提供了更多线索，使我们能够在迷雾中探寻真相。
由于青藏高原的阻碍，发源于非洲的智人主要从两个通道进入中国，一个是从东南亚进入中国南部，另一个是从中亚进入中国西北。通过对Y-DNA的研究分析，最先到来的很可能是C型，他们在4万多年前从东南亚出发，沿着太平洋海岸北上进入东西伯利亚，甚至少量到达北美大陆。大致同时期，一批中亚民族（可能以P型为主）也从北方扩张到蒙古和西伯利亚，进而演化成为Q型，然后远涉美洲，成为大部分印第安人的祖先。这两批人群都已进入今日中国境内，但现今华夏民族的主体不是他们，而是更晚一点的O型人群。
O型人群在大约3万多年前出现于东南亚，他们分成两支北上：O1支型最早在3万年前就从华南进入中国东南沿海；O2支型大约2.5万年前从滇缅经川陕北上到黄河流域。此后一万多年里，地球处于末次冰盛期，这些古人的生活可能非常艰难，并被冰雪阻隔成多个族群。大约1.2万年前的冰期结束之后，东亚地区的人群迎来了爆发性增长，经过多次的大范围迁徙、融合，演变形成多个民族：今日汉族的主体是华夏民族，它是以黄河流域的北方族群（古汉藏人群）为主，融合了长江流域的南方族群（古南岛族群、古南亚族群）而形成；一支古汉藏人群进入青藏高原，与更早的D型融合成藏羌民族；一支古南岛人群从福建经台湾南下到菲律宾和马来群岛，进而远航到太平洋上，成为今日南岛民族；西南地区人群进入中南半岛，与原有居民混合演化成今日东南亚各民族；还有一部分现今已难以溯源的人群（冰期海平面比现在要低，渤海、黄海一带曾是陆地，现已被淹没）从东部沿海扩散至日韩，分别演变成日韩民族。得益于丰饶的自然环境，O型人群在东亚建立起繁荣的农业文明，也成为了世界上人口最多的族群。（从基因角度大致而言，北方汉族的Y-DNA以O2为主，O1比例很低；南方汉族也以O2为主，但O1明显增加；南岛民族以O1为主，日韩的O1、O2比例相对接近，东南亚的民族情况复杂，但总体以O型为主。）
3. 史前文明
华夏文明是古代世界规模最大的农业文明。考古研究表明，这一文明是由长江流域、黄河流域这两大区系的多个文化融汇而成。前者发明了种植稻谷，后者则是粟和黍等作物。
中国史前文明按照考古年代主要分为旧石器时代、新石器时代、金石并用时代和青铜时代。
（1）旧石器时代
这个阶段包括传说中的巢氏构木为巢、燧人氏钻木取火、伏羲和女娲等时代。距今约98000到97000他们建立伏羲罗奉政权，成为黄河下游地区的氏族首领。
这个时期的文化有：元谋人、蓝田人、北京猿人、大洞文化、金牛山文化、大荔人、马坝人、丁村人、柳江人、河套人、下川文化、山顶洞人等。
（2）新时器时代
在该阶段出现了国家的萌芽，对应传说中神农时期。
这个时期的文化有：上山文化、大地湾文化、仙人洞文化、磁山文化、裴李岗文化、仰韶文化早期、半坡文化、庙底沟文化、大溪文化、河姆渡文化、大汶口文化早期、城子崖文化、屈家岭文化等。
在长江下游的吴越地区，目前已知最早的新石器文化是距今约11000 ~ 9000年的上山文化，已有稻作遗迹和陶器出土。距今约8000～5300年间，这里有河姆渡、马家、崧泽等文化，普遍种植稻谷，并蓄养猪、狗、水牛等牲畜，还有榫卯工艺的木结构建筑。
黄河流域的早期发展略滞后于长江流域，但这里最终成长为中华文明的核心。发掘于在甘肃天水，距今约8000年至6000年前的大地湾文化，是黄河中游最早也是延续时间最长的旧石器文化和新石器时代文化，比广为人们所知的河南渑池仰韶村和陕西西安的半坡村遗址都要早，是华夏文明的来源之一。黄河流域已知最早的农业是距今8000 ~ 7000年前的裴李岗文化，出现了粟的种植。此后有多个文化同时兴盛，其中最重要的是中原-陕甘地区约7000 ~ 5000年前的仰韶文化，以及山东地区约6500～4500年前的大汶口文化，二者都以粟为主要作物，并能制作红陶和彩陶。
（3）金石并用时代
距今约5300年前的良渚文化成为中国史前文化的最高峰。大约4500年前，从大汶口文化演变而来，替代仰韶文化的龙山文化在华北大地骤然兴起，和吴越地区璀璨的良渚文化遥相辉映。
在该阶段出现邦国、刻骨文（早于甲骨文）等城市、国家和成熟的文字，对应传说中的五帝时期。
这个时期的文化包括：仰韶文化晚期、大汶口文化晚期、红山文化、龙山文化、良渚文化、马家窑文化、齐家文化等。
发展与长江下游太湖地区，距今约5300 ~ 4200年前的良渚文化是中国史前文化的最高峰，产生了大型城市和宫殿、陵墓，还有以玉器为标志的礼制，很可能形成了强大的王权国家。而从基因来看，良渚先民属于O1支型，它在今日汉族中的占比仅次于O2支型，尤其是浙沪一带比例相对较高。另外，与良渚大致同时期，长江中游还有屈家岭、石家河等文化存在。
大约4500 ~ 4000年前，以黑陶为特征的龙山文化从山东骤然兴起，它很可能是由大汶口文化演变而来，迅速扩张到几乎整个黄河中下游，并且覆盖了仰韶文化。龙山时代的华北大地上出现了满天星斗般的诸多城址，与吴越地区璀璨的良渚古国遥相辉映。在这些城邦遗址中，最引人注目的是黄河中游的晋南、陕北地区，出现了陶寺、石峁两座大型城址。陶寺遗址中发现了天文观象台和个别文字符号，有人认为它就是传说中的陶唐氏（尧）所在。
石峁古城则是现今已知的中国史前规模最大城址，占地425万平方米，约相当于6个紫禁城。这座气势恢弘的石城遗迹，一方面显示了社会已经具有相当的统治力量，另一方面似乎也意味着他们面临强大的武力冲突。
考古显示，龙山时代晚期，原本百花盛放的华夏史前文化发生了大范围的衰退。首先是江南的良渚文化在大约4200年前突然崩溃，良渚先民们可能分散并融入到更广阔的地域。此后近千年，吴越地区都没有恢复原先的水平。紧随其后，华北的龙山文化也陷入黑暗，晋陕地区的很多城址都被毁弃，只有河南的洛阳-嵩山一带还保持着相对繁荣，如同黑夜中的灯火。在传统文化纷纷衰落的同时，邻近草原的燕辽-内蒙-甘青一线反而变得繁荣。与中原文化相比，这一地带的文化风格明显受到蒙古草原甚至西伯利亚人群影响，畜牧业发达，陶器技术相对落后，但却出现了青铜器，并且侵入了陕西、山东等地区。
（4）青铜时代（夏商周）
距今约3500年前，洛阳盆地的二里头文化极有可能是史籍中记载的夏朝
这个时期的文化包括：三星堆文化、二里头文化、岳石文化、四坝文化、安阳殷墟、周原遗址、半镐遗址、夏家店文化等。
龙山-良渚时期尽管遭受了沉重打击，但华夏民族很快就再现辉煌。约3800～3500年前，二里头文化在洛阳盆地蓬勃而兴。二里头不仅出土了大型城市和宫殿遗迹，还有大批青铜器和冶炼遗址，很可能形成了一个强大的方国，并且辐射几乎整个华北地区。很多学者认为它就是史籍中记载的夏朝，但目前尚无确凿证据。无论如何，基因研究已证实二里头先民的Y-DNA是O2支型，与今日汉族主流相同，因此可将其视为“最早的中国”。